结古寺位于玉树结古镇东结古山上，藏语称“结古顿珠楞”意为“结古义成洲”.结古寺是玉树北部地区的萨迦派主寺。最初，结古寺原是苯教的寺院，后来改宗噶举派。蒙元时期，忽必烈的国师八思巴途径结古地区，开始于是逐步将当地寺庙改宗。到了明代，结古寺终于变为萨迦派寺院。
迦派寺院围墙上会涂有象征文殊、观音和金刚手菩萨的红、白、黑三色花条。
结古寺以建筑宏伟、寺僧众多、文物丰富、多名僧高徒在我国藏区闻名遐迩。整个寺院依山势而建，殿堂僧舍错落有致，远望似多层楼阁耸立，主体建筑“都文桑舟嘉措”经堂系由萨迦寺大堪布巴德秋君和嘉那活佛第一世多项松却帕文设计，在德格佐钦寺支持下，扎武迈根活佛主持修建，可容纳1000扎哇诵经。此外，讲经院、大昭殿、弥勒殿、嘉那和文保活佛院等都规模较大，且各具特色。最盛时，全寺成年扎哇多达780人，完德400 多人。曾出过许多有学识的比丘，担任讲经院的堪布，尊为 “喇嘛”（上师 ）。
较出名的如喇嘛囊嘎，着有《般若波罗蜜多释》等5部着作，喇嘛才江是当代玉树名医；喇嘛日霍，擅长历史，着有《大日如来佛堂志》及〈〈藏区文物志〉〉等。该寺原藏有嘎阿尼当巴的牦、八思巴所赠释迦牟尼唐卡、护法面具和檀香度母、古印度铃杵、传为格萨尔用过的钗钹和扎武部落从故居象雄带来的宝刀等。由于结古寺盛名遇逸遐迩，加之地处结古镇，曾来许多名人，1937年藏历十二月一日，九世班禅却吉尼玛圆寂于此。嘉那佛是该寺最大活佛，与内地关系非常密切，故称“嘉那朱古”（汉族活佛之意），嘉那佛独创了称为“多顶求卓”的100多种舞蹈，从而使玉树成为歌舞之乡。
结古寺的嘛尼石堆闻名于世界，第一世嘉那活佛晚年时定居于镇东新寨村，并在此修建嘛尼堆，人称“嘉那嘛尼堆”、“新寨嘛尼堆”.随着岁月的流逝，这里的嘛尼石堆体积越来越大，200多年间堆积25亿多块嘛尼石，堪称“世界第一大嘛尼堆”,成为藏族宗教文化的优秀代表。
结古寺原有3名活佛：扎武迈根·松杰丹增，玉树县巴塘乡人，1954年被迫还俗在家，1958年卒，其转世现居印度；文保坚贡亦殁于1958年，其转世住扎武百户在印度所建之结古寺，嘉那活佛，其第一世名多项松却帕文，昌都囊同人，父亲旦正，母亲阿吉，青年时期于峨嵋山、五台山等地居留20余年，清通汉语文，服饰略似和尚，故称之为“嘉那朱古”（汉活佛）。他多才多艺，独创了称为严“多顶求卓”的100多种舞蹈，玉树地区着名的卓舞即源于此。晚年定居结古镇东新寨村东面山坡，并在新寨修建麻尼堆，人称“嘉那麻尼”.该麻尼堆由刻有六字真言的麻尼石垒成，随着历年添加，体积越来越大，至1955年，麻尼石已达25亿块，有“世间第一大麻尼堆”之称。现世嘉那活佛更嘎坚赞，生于1950年。
结古寺于1980年10月30日批准开放。现为省级重点文物保护单位。
