赛宗寺位于海南藏族自治州兴海县大河坝乡南部一公里处。由于赛宗山是僧侣修行的胜地，有很多神奇的佛教故事传说，加之山势险峻，葱笼秀丽，山下河溪清澈，因而成为僧侣修寺事佛的理想之地。同仁县隆务寺第二世阿饶仓大师洛桑龙饶嘉措（1860——1886年）曾有在此建寺的愿望，但未能遂愿，在他原籍住处的墙壁上绘有赛宗山地形及寺院、神猴等壁画。三世阿饶仓大师洛桑隆道丹贝坚参（1888——1959年）在二世阿饶仓大师的住处看到壁画后，认为他的前世预示未来应在此地创建寺院。因此，1921年，三世阿饶仓大师亲自来到赛宗山，勘察寺址。第二年派更登尖措等四位山居者在此修行，1923年正式建寺，完成了二世阿饶仓大师的心愿。
第一世阿饶仓·扎巴尖措与第三世隆务寺主夏日仓活佛均被认定为二世夏日仓的转世灵童。从此，阿饶仓活佛又是隆务寺的另一大活佛。三世阿饶仓活佛25岁时担任隆务寺“赤巴”（法台），28岁时，因六世夏日仓逝世，一度代理寺主。此后，他开始筹建赛宗寺。1923年，36岁的三世阿饶仓大师同十几位随从一起来到赛宗山，在充满吉祥的日子里举行了赛宗寺奠基仪式，取寺名为“德钦隆珠曲宗”,意为“大乐任成法寨”.以后，随着寺院的进一步扩展，改寺名为“哲嘎尔赛宗提颂云丹达尔杰林”.意为“白岩猴寨闻思功德兴隆洲”,在当地阿粗乎千户香山木、万德太、百户索洛、兴海夏卜浪千户才盖、祁连阿力克头人南喀才昂、刚察地区千户华宝藏和果洛苟日官人丹德尔的支持下，先后于1927年一1929年建成小经堂和文殊殿，1951年一1954年，建成百柱大经堂、弥勒殿和护法殿。从而使赛宗寺发展成环海地区最大的格鲁派寺院和佛教文化中心。
1954年，在给以百柱大经堂为主的三大殿堂举行开光仪式时，喜饶嘉措大师（曾任青海省人民政府副主席）在开光颂词中赞扬道：“赛宗寺如此圆满的百柱大经堂，除了拉萨噶丹寺的大经堂堪与相比，在康、安多地区，乃至青海塔尔寺都是少见的，凡是阿饶仓大师迎请到赛宗寺的佛像、佛经、佛塔都与布达拉宫、扎什伦布寺、塔尔寺和拉卜楞寺等所供的相似。”当时从各地前来朝拜和参加庆祝活动的万余人，庆祝活动进行了6昼夜，规模空前。
百柱大经堂是寺内最大的建筑物，可与西藏噶丹寺大经堂媲美，殿内供上师瑜伽百佛像、阿饶仓大师像，以及《甘珠尔》、《丹珠尔》大藏经，《宗喀巴师徒全集》等佛教经典著作。
弥勒佛殿内供弥勒佛巨型坐像，高达7米，是青海省境内最大的佛像。护法神殿内供大威德佛、六臂护法神、吉祥天母。文殊菩萨殿内供文殊菩萨、不动佛、药师佛。阿饶仓大师佛堂内供洛迦夏惹、观音及弥勒佛。
据有关资料记载，1958年，全寺共有大小经堂、佛塔18座，昂欠15院，僧舍150院，共计1086间，寺僧519人，加上同仁地区的修行僧人共619人。该寺佛像、佛塔、佛经以及象牙、托钵、净水杯、银灯、铜灯等贵重法器非常丰富，与格鲁派六大寺院齐名。1958年关闭，1962年曾一度开放，以后又再次关闭。1981年5月10日重新开放，先后重建了小经堂，弥勒佛殿、阿饶仓大师佛堂、菩提塔、八大灵塔、百柱大经堂等，重新修整了辩经院，修建昂欠5座，僧舍200多院，现有寺僧250余人，活佛3人。
在新建的百柱大经堂内，供有阿饶仓大师银制灵塔和塑像，释迦牟尼佛3尊，宗喀巴师徒3.圣塑像，莲花生大师、隆务寺夏日仓·噶丹嘉措大师像，勇武输王、胜乐佛、马头明王、吉祥天母、洛迹夏惹及千佛像，藏有《甘珠尔》、《丹珠尔》大藏经，《宗喀巴师徒文集》以及保留下来的其他珍贵文物。
赛宗寺原以阿饶仓活佛为寺主，下设大管家1人，总管寺内外事务、寺主昂欠和亲眷的有关事宜。大管家下设下巴9人、“支角乎” 1人、小管家3人、俗人管家2人。干巴负责寺内经济、对外交往、各种纠纷调处、人事任免等事务；“支角乎”是大经堂内的活佛，负责宗教事务，下设僧官1个和翁则2人。僧官负责督促众僧学经，执行教规，有权批准僧人外出念经，负责办理寺院僧人还俗和入寺手续。翁则负责众僧念经。僧官和翁则下设经堂管家2人，负责经堂点灯、添神水、供饭、供茶等。事务管家2人，负责僧侣财产。3名小管家，1名负责昂欠的事务和起居；1名负责宰杀牛羊，供应肉类、食品；l名负责购置物品。在1名小管家下又有20余名勤杂人员，分别干具体的事务，他们虽然是僧人，但不识经文，不参加经堂活动；俗人管家1名负责经营昂欠的土地，1名负责管理昂欠的牲畜。
赛宗寺的主要宗教活动有四种形式，第一种是固定的念经活动，称为“全经堂”,1年有4次；农历正月初八至二月十一日的祈愿法会；四月初一至五月初一的学经、辩经活动；六月十五至八月初一的坐夏活动；十月二十三日至十一月二十三日的大法会（其中十月二十一日至二十五日为五供节）。另外每月初八、十、十五、二十五日4天亦在经堂内举行经事活动，经事期间要求寺主以下僧人都必须参加，不得随便请假外出，寺院周围划线为界，不准僧侣越界，禁止妇女入寺。第二种是观经会，主要举行跳欠活动，每年二次：一次是农历正月十一至十五；另一次是农历三月初五。第三种是辩经会，每年在农历五月二十三日至二十七日举行。此间僧人按经文级别分层次辩论，辩论的优劣作为评定经文级别的参考依据。第四种是祭俄博，在每年农历五月初九至十二举行，除祭把活动外，寺僧可尽情娱乐，如跳绳、打球、下棋等，并由昂欠和寺院分别供肉饭1天，类似群众过年。
1929年，赛宗寺建立显宗学院，内设卡多、堆仲、堆钦、洛柔、达柔、央萨尔、央贡、吾玛、佐、都哇等16个学经班级，系统地学习因明学、般若学、中观学、俱舍学、戒律学等有关显宗知识。同时还学习佛教有关密宗知识。每年寺院都要从西藏哲蚌寺、甘南拉卜楞寺和本省塔尔寺、隆务寺、石藏寺等寺院请来着名学者讲学。该寺设有“尕龙巴”学位，获得此学位者可留寺任经师、管家、干巴等职，有资格外出念经或考取“格西”学位。
负有盛誉的赛宗寺坐落在神山之中，使古刹名山融合为一体，山以寺而壮美，寺以山而得名，形成了赛宗寺独特的风格。每年都有许多的青、甘、川、藏四省、区信教群众前来这里朝拜游览，如逢藏历猴年信教群众更是络绎不绝。
